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科研成果

黄惠川副教授团队构建植物NLRs基因数据集PlantNLRatlas

作者:李详 发表时间:2023-05-01 访问次数:

近日,bat365官网登录入口黄惠川副教授团队在植物学领域著名期刊Frontiers in Plant ScienceIF=5.6,中科院二区Top)发表了题为“PlantNLRatlas: a comprehensive dataset of full- and partial-length NLR resistance genes across 100 chromosome-level plant genomes”的研究论文。该论文以100个高质量植物基因组为基础鉴定到68,452NLRs基因,全面梳理了植物NLRs基因的种类、数量和遗传发育关系,构建了目前最全面的植物NLRs基因数据集PlantNLRatlas,为植物NLRs基因的结构和功能研究提供了新视角。

植物在长期进化过程中形成了以PTIETI两套相辅相成的防御系统来抵御病原微生物的侵染和为害。含有核苷酸结合结构域和富含亮氨酸重复序列的识别受体(nucleotide-binding leucine-rich repeat immune receptorsNLRs)在识别病原物的效应子和激发植物免疫的过程中有着举足轻重的功能。随着测序技术的发展,越来越多植物的基因组被精细组装和注释,这使得大规模鉴定NLRs基因成为可能。

本研究以100个高质量的植物基因组为基础对其中的NLRs基因进行了精细鉴定,一共鉴定到了68,452NLRs基因。并根据结构域的特征,将这68,452NLRs基因分为全长NLRs和非全长NLRs。通过构建系统发育树全面解析了每个NLRs亚群的序列保守性和遗传多样性。从公开数据库挖掘分析小麦和大豆转录组数据后发现小麦和大豆的NLRs基因的功能具有多样性。

bat365官网登录入口博士研究生李详为本论文的第一作者,黄惠川副教授为通讯作者。该研究得到了国家重点研发计划、云南省重大科技专项和国家自然科学基金的共同资助。